Đội bóng đá Quảng Nam được thành lập sau khi tách tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng năm 1997.
Năm 2003, đội giành ngôi Á quân giải Hạng Nhì và lên chơi ở Hang Nhất, tuy nhiên Quảng Nam rớt xuống lại Hạng Nhì sau mùa bóng 2007. Năm 2008 đội bóng đoạt chức vô địch Hạng Nhì và giành quyền lên thi đấu tại Giải hạng Nhất Quốc gia 2009. Trải qua các mùa giải, Câu lạc bộ mang tên Nhựa Hoa Sen Quảng Nam, Quảng Nam Xuân Thành, Bảo hiểm Thái Sơn Quảng Nam.
Ngày 26 tháng 12 năm 2011, câu lạc bộ chính thức đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá QNK Quảng Nam sau khi được Công ty Cổ phần đầu tư QNK tài trợ.[1].
Năm 2013, đội chính thức giành vé thăng hạng V.League 2014 sau khi giành chức vô địch hạng nhất quốc gia 2013.[2]

Ngày 29 tháng 12 năm 2016, đội bóng chính thức đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá Quảng Nam.[3]

Ngày 25 tháng 11 năm 2017, tại vòng đấu cuối cùng của V-League 2017, trong khi CLB Quảng Nam giành thắng lợi 3-1 trước CLB TP.HCM ở sân nhà Tam Kỳ, thì trên sân Cẩm Phả, CLB Than Quảng Ninh xuất sắc cầm hòa 4-4 trước cựu vô địch CLB Hà Nội trong trận đấu cùng giờ. Qua 26 vòng, Quảng Nam chính thức trở thành tân vương của V-League 2017 với tổng điểm 48, ngang bằng với CLB FLC Thanh Hóa nhưng lại hơn về thành tích đối đầu. Đáng chú ý hơn, đây là chức vô địch quốc gia đầu tiên trong lịch sử của đội bóng, đồng thời là thành tích đáng tự hào chào mừng 20 năm tái lập tỉnh Quảng Nam.

Tuy nhiên, sau chức vô địch V-League 2017, Quảng Nam đành ngậm ngùi nhường chiếc vé dự AFC Cup 2018 cho CLB FLC Thanh Hóa do không đáp ứng các tiêu chí từ AFC về hệ thống cơ sở vật chất và hệ thống đào tạo cầu thủ trẻ.[4]

Tại Cúp Quốc gia, Quảng Nam cũng 2 lần liên tiếp giành HCĐ vào các năm 2016, 2017.

Ngày 24 tháng 2 năm 2018, đội bóng Quảng Nam đã giành thắng lợi với tỷ số tối thiểu 1-0 trước CLB Sông Lam Nghệ An, qua đó lần đầu tiên trong lịch sử dành chức vô địch Siêu cúp quốc gia năm 2017.

Năm 2019, đội đánh bại Hoàng Anh Gia Lai trên cả 3 lượt trận (Cúp Quốc gia (5-4 pen), V-League (Lượt đi 3-0, lượt về 1-2)) và là Á quân Cúp Quốc gia (thua Hà Nội ở chung kết)

Năm 2020, ở vòng 4 V-League 2020, CLB thua thảm toàn diện trước SHB Đà Nẵng trên sân Hoà Xuân với tỷ số 6-1. Sau 4 trận thua liên tiếp, ông Vũ Hồng Việt từ chức, thay thế cho ông Đào Quang Hùng nhưng ông đã bị sa thải sau trận thua bạc nhược và vớ vẩn 1-3 trên sân của Hoàng Anh Gia Lai tại vòng 10 V-League 2020 diễn ra vào lúc 17 giờ ngày 17 tháng 7 năm 2020. Sau giải đoạn 1, câu lạc bộ đứng cuối bảng xếp hạng với 9 điểm. Vào ngày 11/10/2020, câu lạc bộ ra mắt huấn luyện viên Nguyễn Thành Công - người vừa từ chức vì bất đồng với câu lạc bộ Thanh Hóa và cũng là đối thủ của trận đầu tiên dưới thời huấn luyện viên mới. Huấn luyện viên Nguyễn Thành Công đã dẫn dắt CLB Quảng Nam 5 trận trong đó có 2 trận thua và 3 trận thắng liên tiếp. Ngày 31/10/2020, vòng đấu cuối cùng của câu lạc bộ tranh suốt trụ hạng diễn ra, Quảng Nam phải làm khách trước Hải Phòng đội bóng đã trụ hạng thành công trước một vòng đấu. Các cầu thủ Quảng Nam đã chiến đấu hết sức, mang về thắng lợi 4-2 cho đội Quảng Nam nhưng thế là chưa đủ để CLB Quảng Nam có thể ở lại V.League, vì trận đấu cùng giờ giữa Nam Định và SLNA đã diễn ra với kết quả hòa. Hai đội Quảng Nam và Nam Định có cùng 18 điểm nhưng Nam Định vẫn hơn về hiệu số nên Quảng Nam chấp nhận xuống chơi tại giải hạng nhất quốc gia vào mùa giải 2021.